Ohjelman tavoitteita ovat:
- vesistöjen tilan paraneminen
- vesistöihin kohdistuvan kuormituksen vähentäminen
- vesistöjen eri käyttömuotojen yhteensovittaminen
- vesienhoidon tukeminen konkreettisia yhteistyöhankkeita edistämällä
- eri toimijoiden pitkäjänteinen yhteistyö
- vesistöjen kunnostukseen liittyvän tiedon jakaminen ja neuvonta
- ympäristötietoisuuden lisääminen
- Ilmastonmuutoksen vaikutusten huomioonottaminen vesien hoidossa