Vesiviljelijän tulee ilmoittautua vesiviljelyrekisteriin. Ilmoittautumisvelvollisuus koskee kaikkia, jotka pitävät kaloja, äyriäisiä ja/tai nilviäisiä. Velvollisuus koskee yhdenkin kalan, ravun tai simpukan pitoa ja mädin haudontaa sekä simpukoiden pitoa vedenpuhdistustarkoituksessa.

Ilmoitusvelvollisuus ei koske luonnonvaraisten kalojen tai rapujen sumputtamista ennen elintarvikkeeksi myymistä. Rekisterin ulkopuolelle jäävät myös koristekalat, -äyriäiset ja -nilviäiset, jos niitä pidetään sellaisissa akvaarioissa, akvaariotiloissa, tekolammikoissa tai altaissa, joista ei johdeta vettä sellaisenaan luonnonvesiin.

Vesiviljelyn harjoittaja on velvollinen ilmoittamaan laitostaan koskevat tiedot sille ELY-keskukselle, jonka toimialueella eläinten pääasiallinen pitopaikka sijaitsee. Ahvenanmaalla tiedot toimitetaan maakuntahallitukselle.

Vesiviljelyrekisterissä pidetään yllä ajantasaista tietoa mm. kaikista kalan- ja ravunkasvatuslaitoksista, luonnonravintolammikoista, mätihautomoista ja onkilammikoista. Rekisterin tietoja tarvitaan mm. kala- ja raputautien torjuntaan sekä tilastointiin ja tutkimukseen. Vesiviljelyrekisterin omistaja on Ruokavirasto.