Vattenbrukaren ska anmäla sig i vattenbruksregistret. Anmälan måste göras av all hållning av fisk, kräftdjur och/eller blötdjur. Anmälningsskyldighet gäller även hållning av endast en fisk, krabba eller ett skaldjur och romkläckning samt hållandet av skaldjur för vattenreningsändamål.

Anmälningsskyldigheten gäller inte sumpning av vild fisk eller krabbor innan försäljning för livsmedel. Utanför registrering är också akvariefiskar, -kräftdjur eller -blötdjur i akvarium, akvarieutrymmen, konstgjorda dammar eller bassänger där djuren hålls i vatten som inte dräneras utan rening i naturliga vatten.

Den som bedriver vattenbruk är skyldig att meddela uppgifterna över sin anläggning till enheten för NTM-centralen. På Åland lämnas uppgifterna in hos landskapsregeringen.

I vattenbruksregistret upprätthålls aktuell information om bl.a. alla fisk- eller kräftodlingsanläggningar, naturfoderdammar, anläggningar för romkläckning och metesdammar. Uppgifterna i registret behövs bland annat för bekämpningen av fisk- och kräftsjukdomar samt för statistik och forskning. Vattenbruksregistret ägs av Livsmedelsverket.